在工程款结算的过程中，发承包双方对工程量有争议时，首先需要依据双方签订的合同条款来解决。但在没有具体合同条款规定或者合同规定不明确的情况下，通常会依据施工过程中形成的签证等书面文件来确认工程量。这是因为签证等书面文件记录了工程实际进展、变更及双方认可的实际情况，具有较高的证据效力。 A选项“施工图纸及设计变更中计算的工程量”虽然重要，但可能无法完全反映实际施工中的变化； B选项“承包方实际发生的工程量”虽然反映了实际施工情况，但缺乏发包方的认可，可能引发争议； D选项“发包方认可的工程量”虽然得到了发包方的认可，但如果没有书面文件支持，同样可能引发争议。 因此，最合理且符合工程实践的做法是依据C选项“施工过程中形成的签证等书面文件”来确认工程量。所以答案是C。