安装工程一切险是一种为各种机器的安装及钢结构工程的实施等提供保险的险种，其主要目的是在保险期限内，因自然灾害或意外事故造成保险标的的直接物质损坏或灭失时，给予经济赔偿。 A选项“自然磨损”是由于设备的正常使用和时间的推移而导致的，属于正常的物理现象，不属于保险责任范围。 B选项“维修保养”是设备的常规维护行为，同样不属于因自然灾害或意外事故造成的损坏，因此不属于保险责任范围。 C选项“意外事故”是指在保险期间内，由于自然灾害或意外事故造成保险标的的直接物质损坏或灭失，这完全符合安装工程一切险的保险责任范围。 D选项“盘点时发生的短缺”是管理上的问题，通常是由于管理不善或人为错误导致的，不属于自然灾害或意外事故，因此不属于保险责任范围。 综上所述，只有C选项“意外事故”是保险人应当承担保险赔偿责任的情形，因此正确答案是C。